Rastreo del coronavirus en las ciudades: La pandemia en tiempo real

La charla del Dr. Eduardo Castro, cuarta sesión de la 8° Conferencia de Cultura Científica UNAB, comenzó dimensionando el paso de la pandemia por el mundo: más de 4.5 millones de personas fallecidas -en Chile cerca de cuarenta mil- y un profundo impacto socioeconómico con graves retrocesos en términos de desigualdad. “No existe ningún rincón en la tierra, incluso la Antártica, donde el virus no haya atacado a la población humana”, recalcó el doctor en Ciencias Biológicas y en Biología Evolutiva.

La propagación global del Covid-19, dice Castro, no es un hecho aislado sino la última de una seguidilla de epidemias y pandemias durante el último siglo, todas ellas causadas por el contacto de seres humanos y animales. El origen de estas enfermedades, destacó el expositor, ha sido estudiado aplicando los mismos principios, herramientas y mecanismos de la teoría evolutiva.

“Con herramientas evolutivas podemos no solamente entender los saltos zoonóticos de distintas especies animales a la especie humana, sino que podemos incluso ponerle un reloj y estimar una fecha de cuándo ocurrieron estos eventos”, dice Castro.

“No obstante, como humanidad nos cuesta estar preparados para prevenir el futuro y somos más bien una especie reactiva. Pero la historia nos ha enseñado que vale la pena invertir por adelantado en el monitoreo de enfermedades infecciosas que pueden o no saltar en un determinado tiempo a la población humana”.

Las huellas del coronavirus

Si bien aún no existe total claridad sobre el reservorio directo del SarsCov2, su genoma fue descifrado ya en marzo de 2020, y a la fecha la comunidad científica mundial ha compartido cerca de tres millones de genomas completos. “Esto nos permite mirar en profundidad cómo el virus se mueve en el espacio y en el tiempo: cómo va cambiando, cómo va acumulando mutaciones y cómo estas mutaciones pueden o no causar algún efecto que sea negativo para nosotros”, dice el investigador.

El virus original, explica, ya se extinguió: “Lo que podemos ver hoy día y tomar muestras en distintos pacientes en cualquier parte del mundo son virus que han evolucionado, han cambiado su genoma, y han adquirido nuevas propiedades, y eso lo podemos seguir con métodos evolutivos”.

De esta forma, no solamente es posible seguir el virus en tiempo real, sino también definir las nuevas variantes y su diferenciación, reconstruyendo su historia evolutiva, además de conocer la composición de la pandemia en los distintos países. En Chile, por ejemplo, “hay una gran prevalencia de la variante Gamma o P1, que fue descrita por primera vez en Brasil, y la variante Lambda o C37, descrita en Perú y en Chile por primera vez”, señala el Dr. Castro.

Gracias a estos esfuerzos desde la ciencia y organismos sanitarios, también se ha podido observar que la distribución del virus dentro del país, de acuerdo al Dr. Castro, es muy heterogénea. “No tenemos las misma variantes en todas las regiones; muy por el contrario, tenemos una gran diversidad muy estructurada donde las variantes que existen en la zona norte son muy diferentes a las que existen en el centro y en el sur”, dice.

Este seguimiento genético en tiempo real, destaca, ha permitido observar características del avance de la pandemia que ayudan a guiar las políticas y medidas de salud pública de manera oportuna, entre otras, el cierre de fronteras, la regulación del movimiento y la administración de vacunas adicionales.

De MetaSub a MetaCov

Desde el año 2015, el Dr. Eduardo Castro pertenece al consorcio científico internacional MetaSub, dedicado al estudio sistemático de las comunidades de microorganismos en las ciudades, para así generar un atlas microbiano. Ello, tomando y analizando muestras del transporte público de sesenta ciudades del mundo, incluido Santiago, de manera simultánea durante seis años.

Aprovechando la infraestructura construida para este proyecto, en 2020 Castro se adjudicó un proyecto ANID enfocado en detectar linajes de SarsCov2 directamente en la ciudad, analizando muestras de superficies de alto contacto y el aire en Santiago y Antofagasta.

“Sabemos que la próxima pandemia está a la vuelta de la esquina. No es un tema de si es que va a ocurrir, sino de cuándo va a ocurrir”, dice el académico, recalcando la importancia de desarrollar herramientas hoy para poder estar preparados.

Hasta el momento, cuenta que se ha podido observar grandes similitudes en la dinámica de la pandemia en ambas ciudades, a pesar de sus diferencias en densidad y cantidad de población. Asimismo, adelanta que “comparado con otros virus respiratorios, lo que más se encuentra es coronavirus en todas partes, y se puede secuenciar su genoma completo, asignarle un linaje y un nombre de variante”.

Todos los genomas que han podido recuperar, agrega, tienen las mutaciones clásicas que definen los linajes, y todos ellos corresponden a linajes que se encuentran en pacientes. “En Chile existen muchos linajes de SarsCov2, prácticamente todos derivados del linaje B1, fundador de la epidemia local en Chile, y a partir de eso han evolucionado varios otros como el C37 y Lambda”, detalla Castro.

Con estos primeros hallazgos, el proyecto ha logrado demostrar que “un sistema de alerta temprana basado en monitoreo de las ciudades es factible como medida de detección de virus en la población”, y con ello la posibilidad de apoyar la capacidad de respuesta por parte de los gobiernos y organismos de salud, tanto frente al Covid19 como las epidemias futuras.

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